Egyre több bírálat éri az antibakteriális szappanokat, pontosabban a szakértők mind nagyobb száma véli úgy, hogy az ilyen „99%-os baktériumölő képességgel rendelkező” szappanok többet ártanak, mint amennyit használnak. A dolog lényege az, hogy az effajta szappanok alkalmazása ellenállóbbá teszi a baktériumtörzseket – olyannyira, hogy már nem reagálnak a korábban eredményesen használható antibiotikumokra sem. Az ellenvéleményt megfogalmazók végső soron nem tartják hatékonyabbnak a fertőzések és a betegségek leküzdésében az antibakteriális szappant, mint közönséges társait.

Az illetékes amerikai kormányhivatal, az FDA álláspontja: egyelőre semmilyen komoly orvosi kutatás nem támasztotta alá azt az állítást, hogy az antibakteriális hatású termékek csökkentenék a fertőzések előfordulását.

A közönséges, régóta alkalmazott szappan nem öli meg a baktériumokat, viszont sikeresen leválasztja őket a bőrről, tehát könnyen lemoshatók, illetve a törülközőbe törölhetők.

Az ellenzők egyik vezéralakja, dr. Stuart Levy, az antibiotikumok megfelelő alkalmazását szorgalmazó amerikai egyesület elnöke, sarkosan úgy fogalmazott: az antibakteriális hatású termékek alkalmazását meg kellene tiltani a háztartásokban. Véleménye szerint az ilyen termékeknek csak kórházakban és más, nagyon beteg embereket ápoló intézményekben lehet helyük – tehát ott, ahol a baktériumfertőzésnek nagyobb a veszélye.

A már említett amerikai élelmiszer- és gyógyszerhatóság, az FDA 2005 szeptemberében első alkalommal tiltotta meg egy olyan, az állattenyésztésben alkalmazott antibiotikum alkalmazását, amely alapos okkal „gyanúsítható” azzal, hogy rezisztenssé, vagyis ellenállóvá tesz bizonyos baktériumokat az emberi szervezetben az antibiotikum-kezeléssel szemben.

Az antibakteriális szappanok ellenzőinek másik fontos érve, hogy az ilyen termékek „túlságosan tisztává” teszik az otthonokat, így a kisgyermekek nem képesek megismerkedni a környező világban rejlő fertőzésekkel, tehát végső soron az immunrendszerük kifejlődése elmarad a kívánatostól. E nézet hívei egészen odáig elmennek, hogy szerintük a túlságosan tiszta környezet később allergia és asztma kialakulásához vezethet.