A mikrobák gyakori mutációja miatt egyre inkább elterjednek az antibiotikumokkal szemben rezisztens törzsek. Várható következményei a fertőző betegségek számának növekedése, a kezelés költségeinek drasztikus emelkedése, illetve a halálozás magasabb aránya lesz. A kiváltó ok a jelenleg elérhető gyógyszerek évtizedek óta tartó kritikátlan alkalmazása.

Patrice Courvalin (Pasteur Intézet, Franciaország) szerint ez nem csupán azt jelenti, hogy nem leszünk képesek orvosolni a betegségeket, hanem az utóbbi 20-30 év vívmányainak eltörlését is. Antibiotikumok nélkül a daganatos, szervátültetésen, vagy nagy sebészeti beavatkozáson átesett, vagyis immunhiányos betegekre veszélyes, egészségesekben kórt nem okozó baktériumok féken tartása is lehetetlenné válik. A világ egyes részein, például Indiában, Pakisztánban, Bangladesben, egyes vélemények szerint Oroszországban, Dél-kelet Ázsiában és Közép-Amerikában ez már most is élő probléma.

A rezisztencia nyitja a genetikai kód megváltozása: a speciális mutációt szenvedett kórokozók szelekciós előnyben vannak, gyakorlatban alkalmazva a darwini evolúciós szabályokat. A mutáció következtében az antibiotikum nem képes behatolni a baktériumba, vagy a mikroba képessé válik a szer bontására, megsemmisítésére. A rossz antibiotikum, a túl hosszú, vagy rövid alkalmazás mind-mind ebbe az irányba hatnak. Ráadásul a fertőző betegségek 70 százaléka vírusos eredetű, és néha ebben az esetben is alkalmaznak antibiotikumokat, pedig azok teljesen hatástalanok. De például az Egyesült Államokban egyes farmerek állattenyésztéshez is alkalmazzák a kezelést az állatok jobb növekedése érdekében.

Ha visszatérünk az antibiotikumok előtti időszakhoz, akkor az Egészségügyi Világszervezet véleménye szerint számos betegség kezelhetetlen lesz. 2012-ben például 450 ezren fertőződtek meg multirezisztens TBC-vel, és 170 ezren meg is haltak, mert nem reagáltak a hagyományos izoniazidból és rifampicinből álló kezelésre.